تتمتع محافظة الفيوم بمحميتين طبيعيتين من أهم المحميات الطبيعية في العالم، وهما محمية وادي الريان الطبيعية ومحمية قارون الطبيعية، والمحميتان من أهم ما يميزهما الطيور المهاجرة التي تزين سماءهما، حيث إن محمية قارون وفقا للأبحاث يتردد عليها 214 نوعا من الطيور معظمها من الطيور المهاجرة.
وسجلت محمية قارون ما يقرب من 214 نوعًا من الطيور في منطقة الفيوم وثلاثة أرباعها تعد مهاجرة ، غير أن عدد هذه الطيور في انخفاض مستمر منذ بداية القرن العشرين، الأمر الذي يرجع في المقام الأول إلى الصيد وتدريب النسور غير المشروع لذلك، وفي عام 1989، صدر أول قرار من رئاسة مجلس الوزراء بتحويل منطقة بحيرات قارون ووادي الريان إلى محميات طبيعية.
وتعتبر البحيرات بيئة مهمة لطيور الماء مثل الغر وغطاس الماء المتوج الكبير وأنواع البط بالإضافة إلى طيور المناطق الرطبة مثل صياد السمك الأبقع وفرخة الماء والفرخة السلطاني والتي تتركز في بيئات البوص على شاطئ البحيرات والمزارع السمكية.
